Σύμφωνα με τη μυθολογία, οι Παξοί σχηματίστηκαν όταν ο Ποσειδώνας πέταξε την τρίαινά του με δύναμη στην Κέρκυρα προκειμένου να αποκολλήσει ένα κομμάτι της για να γίνει το ερωτικό του καταφύγιο με την νηρηίδα Αμφιτρίτη.

Αν και γνωρίζουμε λίγα για τους Παξούς από την περίοδο της αρχαιότητας, το σίγουρο είναι ότι η ονομασία τους διατηρείται από τότε.

Σύμφωνα με ιστορικές πηγές, το 229 π.χ. οι Κερκυραίοι ηττήθηκαν σε ναυμαχία από τους Ιλλυρίους της βασίλισσας Τεύτας και μαζί με τους Παξούς περιήλθαν σε αυτούς για ένα μικρό χρονικό διάστημα μέχρι το θάνατό της το 228 π.χ. Στη συνέχεια η Κέρκυρα με το νησιωτικό σύμπλεγμα των Παξών, πέρασαν στην επιρροή των Ρωμαίων. Στους αιώνες που ακολούθησαν οι Παξοί ακολουθούσαν τις τύχες της Κέρκυρας. Από τον 13^ο αιώνα περνούν στην εξουσία των Ντ’ Ανζού και από το 1386 στους Βενετούς. Κατά τη διάρκεια της βενετοκρατίας η οποία κράτησε μέχρι το τέλος του 18^ου αιώνα, Παξοί και Αντίπαξοι απειλήθηκαν πολλές φορές από πειρατές κάτι που οδήγησε, το 1423, το βαρόνο Αδάμ το Β’ του Σαν Ιππόλυτο στο να ζητήσει άδεια από τη Βενετία και να κτίσει δύο κάστρα, ένα μέσα στον κόλπο του Γάιου, επάνω στο νησάκι του Αγίου Νικολάου και ένα στη Λάκκα. Οι βενετοί ήταν επίσης αυτοί οι οποίοι μέσα από το φεουδαρχικό σύστημα που εφάρμοσαν εντατικοποίησαν την καλλιέργεια της ελιάς.

Στα μέσα του 15ου αιώνα εθελοντές Παξινοί πολέμησαν εναντίων των Οθωμανών οι οποίοι πολιορκούσαν τις απέναντι ηπειρωτικές πόλεις Βουθρωτό και Πάργα. Σε αντίποινα οι Οθωμανοί λεηλάτησαν το νησί χωρίς όμως να εντοπίσουν τους κατοίκους οι οποίοι είχαν καταφύγει σε σπηλιές όπου ανασυντάχθηκαν και από όπου ξεκίνησαν ανταρτοπόλεμο, ο οποίος ανάγκασε τελικά τους Οθωμανούς να αποσυρθούν από το νησί. Το 1797 οι Γάλλοι αντικατέστησαν τους Βενετούς, τους οποίους αντικατέστησαν με τη σειρά τους διαδοχικά Ρώσοι και Οθωμανοί μέχρι το 1801 που ιδρύθηκε η αυτόνομος πολιτεία των Επτά Ηνωμένων Νήσων, η οποία αποτέλεσε και την πρώτη μορφή αμιγούς Ελληνικού κράτους από την αρχαιότητα. Οι Παξοί μαζί με τους Αντίπαξους είχαν αυτοτελή συμμετοχή στην κοινοπολιτεία και δικό τους έμβλημα.

 Το 1807 η Πολιτεία καταλύεται από τον Ναπολέοντα, η κυριαρχία των Γάλλων όμως δεν θα κρατήσει για πολύ αφού το 1814 αγγλικές δυνάμεις με επικεφαλής τον Έλληνα ταγματάρχη Θεόδωρο Κολοκοτρώνη κατέλαβαν το νησί προσαρτώντας το στο Ηνωμένο Βασίλειο. Κατά τη διάρκεια της επανάστασης η τοπική οργάνωση των φιλικών προμήθευσε αυτήν με έμψυχο και άψυχο υλικό. Ένας από τους επαναστάτες ήρωες του νησιού ήταν και ο μπουρλοτιέρης και πυρπολητής Γεώργιος Ανεμογιάννης ο οποίος έχασε τη ζωή του σε ηλικία 23 χρόνων στη Ναύπακτο. Τέλος, μετά την ίδρυση του Ελληνικού κράτους οι Παξινοί υποστήριξαν μαζί με τους υπόλοιπους επτανήσιους την ένωση η οποία ήρθε τελικά το 1864.

Ετυμολογία ονομασίας

Σύμφωνα με το Στράβωνα η ονομασία προέρχεται από τη Φοινικική λέξη "πακς", που σημαίνει γεωμετρικό "τραπέζιο", δηλαδή νησί με τραπεζοειδές σχήμα, όπως φαίνεται από τη θάλασσα.

Σύμφωνα με μια άλλη εκδοχή, εκπατρισμένοι κάτοικοι της Σικελικής Παξούντας, εγκαταστάθηκαν και έδωσαν το όνομα στους Παξούς.

Ο Μητροπολίτης Παραμυθίας Αθηναγόρας αιτιολογεί το όνομα Παξοί από τις πλάκες που έβγαιναν στους Παξούς και γινόταν εξαγωγή. Σύνθεση της λέξης Παξ=πλάκα και αε ή αι=νησί, μας δίνουν το όνομα του νησιού των πλακών.

Ο Ανδρέας Μουστοξύδης, ιστορικός, φιλόλογος και αρχαιολόγος (Κέρκυρα 1785-1869) θεωρεί ότι το όνομα των νησιών προέρχεται από το επίθετο πακτός (δωρικός τύπος του πηκτός), ενώ ο Ερρίκος Στεφάνου ετυμολογεί την ονομασία από το αρχαίο ρήμα πηγνύω και συγκεκριμένα από το μέλλοντα "πήξω".

Τέλος μια άλλη εκδοχή είναι να προήλθε από τη φράση "πακσώσας θύρας" (κεκλεισμένες), γιατί το λιμάνι του Γάη είναι κλειστό.